微生物也有“好”和“坏”，人类很早就会利用“好微生物”，我们平时使用乳酸菌发酵酸奶、使用酵母发酵制作馒头、面包就是很好的例子。大众喜爱的蘑菇，名贵的灵芝、冬虫夏草，属于真菌，是真菌的子实体。青霉菌产生青霉素，使得抗生素的提取和应用成为里程碑，人类自此也开始获得了抵抗“坏微生物”的有效武器。
同时，我们所处的环境也充满了“坏微生物”。
在亿万年的进化过程中，人类进化出了抵抗“坏微生物”的屏障，这包括皮肤黏膜物理屏障、人类自身的免疫系统屏障以及“好微生物”为我们建造的一道微生物屏障，共同抵御“坏微生物”的侵袭，避免感染的发生。
当人体皮肤及黏膜受到物理损害，免疫力低下或免疫系统异常时，“坏微生物”就有可能会通过身体薄弱处入侵机体，进而繁殖引起感染。当我们滥用抗微生物药物时，“好微生物”也被杀死，从而使得“好微生物”构建的微生物屏障被破坏，“坏微生物”就会趁机侵袭，发生感染。
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